本文由微科盟phage根據(jù)實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)而整理，希望對(duì)大家有幫助。
微科盟原創(chuàng)微文，歡迎轉(zhuǎn)發(fā)轉(zhuǎn)載。
寫在前面
簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是提取我們樣品中總DNA并進(jìn)行二代測(cè)序，測(cè)序后需要對(duì)測(cè)序后的數(shù)據(jù)進(jìn)行降噪(去除干擾項(xiàng))和降維（出圖和表）。下面是宏基因組測(cè)序的流程。首先分享的是Linux操作系統(tǒng)的安裝，后面會(huì)繼續(xù)分享，軟件商店conda安裝和使用，fatsqc進(jìn)行質(zhì)控，megahit進(jìn)行宏基因組組裝，以及metaphlan進(jìn)行宏基因組分類。
圖1
（參考文獻(xiàn)：Protein Cell：A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data, 2020）
主要內(nèi)容
Linux以其免費(fèi)、穩(wěn)定、高效成為生物信息學(xué)分析不可缺少的操作系統(tǒng)，目前大量的生物信息學(xué)軟件都是圍繞著Linux系統(tǒng)開(kāi)發(fā)，可以說(shuō)安裝linux系統(tǒng)是生物信息的開(kāi)始。
VirtualBox 是一款開(kāi)源虛擬機(jī)軟件，由于我們的電腦一般用的都是windows操作系統(tǒng)，想在Windows系統(tǒng)里面使用Linux操作系統(tǒng)需要給電腦創(chuàng)造一個(gè)獨(dú)立虛擬環(huán)境來(lái)運(yùn)行Linux，讓W(xué)indows和Linux這兩個(gè)操作系統(tǒng)之間相互不受影響。
VirtualBox的軟件及l(fā)inux系統(tǒng)鏡像的下載
VirtualBox軟件的安裝：
圖3
一直點(diǎn)擊下一步，直到安裝成功。
圖4
首先點(diǎn)擊新建，輸入名稱和選擇linux系統(tǒng)鏡像的存放地址，版本選擇Ubuntu（64-bit）
圖5
設(shè)置虛擬機(jī)的運(yùn)行內(nèi)存大小，注意最低不要低于1024MB！
選擇已有虛擬硬盤文件，選擇你網(wǎng)盤下載并解壓后的名稱為QIIME-1.9.1-amd64.vdi的文件。
圖7
為什么要掛載共享文件夾？我們可以把要處理的數(shù)據(jù)放到共享文件夾中，這個(gè)文件夾Linux和我們的windows系統(tǒng)都可以訪問(wèn)，方便進(jìn)一步通過(guò)Linux系統(tǒng)對(duì)自己電腦上的數(shù)據(jù)進(jìn)行生信分析。
圖8
啟動(dòng)Ubuntu，點(diǎn)擊啟動(dòng)，找到終端(terminal)，輸入ls可以看到share這個(gè)文件夾。
圖9
圖10
再輸入下面代碼，share文件夾顏色變?yōu)榫G色表示文件夾成功掛載
sudo apt-get update #更新所有的軟件列表
sudo apt-get install virtualbox-guest-utils #安裝virutalbox增強(qiáng)工具
sudo mount -t vboxsf qiime /home/qiime/share #掛載共享的文件夾
圖11
恭喜你已經(jīng)成功安裝Linux系統(tǒng)！
本文來(lái)源于微生態(tài)原創(chuàng)作者phage，僅用于學(xué)術(shù)分享，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系刪除！
聯(lián)系客服
