第一、購進后直接銷售按9%稅率計算繳納增值稅的，按照9%的扣除率進行計算進項稅額，例如超市向農(nóng)戶采購水果再銷售的情形；購進后用于6%稅率的應稅服務，也按9%的扣除率進行計算進項稅額，例如飯店向農(nóng)戶購買豬肉再餐飲服務銷售的情形。
第二、購進后用于生產(chǎn)或委托加工成13%稅率的貨物再銷售的，按照10%的扣除率計算進項稅額，例如食品加工廠采購活魚加工成速凍餃子再銷售的情形的。需要提醒的是，這種情形在采購活魚時是先按9%的扣除率進行計算進項稅額，然后在領用當期再加計扣除1%的進項稅額。
同時需要注意，如果涉及簡易計稅方法計稅、免征增值稅等不得抵扣進項稅額的項目時，購進農(nóng)產(chǎn)品的進項稅額不得從銷項稅額中進行抵扣。
那么，購進農(nóng)產(chǎn)品如何計算可以抵扣的進項稅額呢？具體也要分以下三種情況：
第一、購進農(nóng)產(chǎn)品，收到一般納稅人開具的增值稅專用發(fā)票或海關繳款書，按發(fā)票上注明的稅額抵扣；例如：某公司從某一般納稅人企業(yè)購進小麥一批，對方開了增值稅專用發(fā)票，金額10萬元，稅額0.9萬元，此時，該公司直接按正常取得專票認證抵扣，可抵扣進項稅為0.9萬元。當然，如果用于生產(chǎn)或委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，還能加計抵扣1%。
第二、從小規(guī)模納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品取得3%征收率的增值稅專用發(fā)票，發(fā)票上標明的稅率雖然是3%，但從2019年4月1日起，企業(yè)可按票面金額的9%扣除率計算抵扣進項稅。需要提醒的是，在疫情防控期間內(nèi)取得征收率為1%（2022年3月31日前）的購進農(nóng)產(chǎn)品的增值稅專用發(fā)票也適用本條的計算方法。
第三、從農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者手中購進農(nóng)產(chǎn)品，雖然發(fā)票稅率欄次是免稅的，但可以按收購發(fā)票和銷售發(fā)票上注明的買價和9%的扣除率計算進項稅額。需要注意的是，可作為抵扣憑證的農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票是指農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)自銷的適用免征增值稅的政策而開具的普通發(fā)票，而非批發(fā)零售蔬菜、部分鮮活肉蛋流通環(huán)節(jié)開具的免稅普通發(fā)票。納稅人從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購進適用免征增值稅政策的蔬菜、部分鮮活肉蛋而取得的普通發(fā)票是不可以抵扣的，比如從超市（或銷售公司）購買的雞蛋取得免稅普通發(fā)票不能進行抵扣。
政策依據(jù)：
《中華人民共和國增值稅暫行條例（2017年修訂）》（國務院令第691號）
《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則（2011年修訂）》（財政部 國家稅務總局令第65號）
