Cell Rep
譯名：單基因長(zhǎng)序列測(cè)序闡明了大腸桿菌菌株在人類腸道菌群中的動(dòng)態(tài)
時(shí)間：2022-1-11
期刊：Cell Reports
影響因子：8.109
DOI：10.1016/j.celrep.2021.110239
腸道微生物與宿主健康和疾病密切關(guān)系，細(xì)菌基因組成經(jīng)常變化，導(dǎo)致種內(nèi)的功能也會(huì)存在差異，因此需要比物種水平更高的分辨率來(lái)實(shí)現(xiàn)生態(tài)學(xué)和臨床的關(guān)聯(lián)研究。該文獻(xiàn)通過(guò)利用細(xì)菌鞭毛蛋白基因的三代測(cè)序標(biāo)記，在所選物種中以高分辨率鑒定菌株。選擇針對(duì)大腸桿菌的人類飲食試驗(yàn)糞便樣本做驗(yàn)證：在16個(gè)個(gè)體的119個(gè)樣本中，共有1532個(gè)ASV，盡管優(yōu)勢(shì)菌株各不相同，但有32個(gè)ASV在個(gè)別樣本中占優(yōu)勢(shì)。另外，發(fā)現(xiàn)腸道中的主要菌株通常伴有大量衛(wèi)星菌株，其中一些被確定為潛在的腸外病原體。該實(shí)驗(yàn)方案可用于追蹤流行病或調(diào)查病原體的宿主內(nèi)或宿主間的多樣性。
FEMS Microbiol Ecol
譯名：用瓊脂梯度柱追蹤淡水沉積物中的遠(yuǎn)距離電子傳遞和電纜細(xì)菌
時(shí)間：2022-5-6
期刊：FEMS Microbiology Ecology
影響因子：3.675
DOI：10.1093/femsec/fiac042
在自然環(huán)境中，微生物參與的硫化物氧化過(guò)程是地球硫元素循環(huán)的重要組成部分，然而在多數(shù)情況下，硫化物形成于海濱等沉積物下層，而氧氣等電子受體位于表層，微生物如何解決其所需的電子供體和受體不在同一空間位置的問題尚不清楚。近期研究發(fā)現(xiàn)，電纜細(xì)菌（Cable bacteria ,CB)通過(guò)生電硫氧化（electrogenic sulfur oxidation,e-SOx）過(guò)程將空間分離的硫氧化反應(yīng)和氧氣還原反應(yīng)耦合起來(lái)，完美地解決了上述問題。本研究引入了一種新的“瓊脂柱”方法來(lái)選擇性地富集和調(diào)查了來(lái)自河床、硫化物湖和碳?xì)浠衔镂廴竞畬拥牡练e物。通過(guò)PacBio近全長(zhǎng)16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序，對(duì)沉積物和瓊脂柱中的細(xì)菌群落進(jìn)行了深入分析，從而可以對(duì)檢測(cè)到的分類群進(jìn)行精確的系統(tǒng)發(fā)育定位。地表水沉積物中定殖了大量電線假絲酵母相關(guān)的CB，包括多個(gè)潛在的新物種。CB的存在似乎與共富集發(fā)酵有關(guān)，暗示了e-SOx種群作為異養(yǎng)微生物電子供體的可能。這些發(fā)現(xiàn)有助于對(duì)淡水系統(tǒng)中CB多樣性和生態(tài)的理解。瓊脂柱法提供了一種新的策略，可以促進(jìn)氧化還原梯度依賴性微生物的培養(yǎng)，包括識(shí)別新的CB種群。
Mar Biotechnol
譯名：正常草魚組織特異性黏膜微生物組的異質(zhì)性。
時(shí)間：2022-4-24
期刊：Marine Biotechnology
影響因子：2.798
DOI：10.1007/s10126-022-10113-3
微生物群在草魚（ctenopharyngodonidella）的消化、代謝和免疫中起著關(guān)鍵作用。本文首次基于PacBio平臺(tái)對(duì)草魚腸道內(nèi)容物（IC）、皮膚粘液（SM）、口腔粘膜（OM）和鰓粘膜（GM）的正常微生物群以及養(yǎng)殖池側(cè)壁（SW）的微生物群進(jìn)行了測(cè)序分析。共劃分出20門、38綱、130科、219屬、291種。其中104種常見分類物種可能是草魚的核心微生物群。變形桿菌、擬桿菌和藍(lán)藻是草魚生態(tài)位中的優(yōu)勢(shì)門。變形菌和類桿菌在SM、GM和OM的分類組成中占主導(dǎo)地位，而變形菌、扁平菌和藍(lán)藻在IC和SW組中占主導(dǎo)地位。IC的微生物群表現(xiàn)出較高的α多樣性指數(shù)。SM、GM和OM的微生物組成相似，但與IC和SW有顯著差異，而IC與SW由于其共同的藍(lán)藻而具有相似性（P?<?0.05）。生態(tài)位特異性和差異豐富的微生物也反映了差異。IC和SM中與細(xì)胞周期控制、細(xì)胞分裂、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制、細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸?shù)然虮磉_(dá)顯著提高。這項(xiàng)工作對(duì)于了解魚—微生物的共存體系，尤其是草魚不同生態(tài)位的共存體系具有重要價(jià)值。
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