某房地產(chǎn)企業(yè)開發(fā)了某花園小區(qū)項目，小區(qū)可售建筑面積為1萬平方米，扣除項目中總建筑成本費用1200萬元。2008年12月小區(qū)房屋銷售比例達到90%，開發(fā)商共取得房屋銷售收入1350萬元，稅務(wù)機關(guān)要求其進行土地增值稅清算。企業(yè)在清算時，確定了該項目的單位建筑成本費用為1200元/平方米，繳納土地增值稅217.11萬元。2009年該項目又銷售了門面房500平方米，取得銷售收入500萬元，稅務(wù)機關(guān)要求其再次清算土地增值稅。
此時，對于如何計算繳納土地增值稅，有兩種不同的計算方法，且兩種方法計算出來的稅款懸殊較大，稅企之間存在爭議?，F(xiàn)將兩種計算方法分別闡述如下。
方法一，確定500萬元是售房所取得的全部收入，按照稅法規(guī)定允許從售房收入總額中減去扣除項目金額，確定土地增值額和增值率，以此來計算土地增值稅。
售房取得收入500萬元減去允許扣除的開發(fā)成本及費用60萬元，再減去營業(yè)稅金及附加27.25萬元，增值額為412.75萬元。
根據(jù)增值額與扣除項目的比值為增值率的公式，求得增值率為473.07%。根據(jù)超過扣除項目金額200%的部分適用稅率為60%的規(guī)定，按速算扣除系數(shù)35%計算，該房地產(chǎn)企業(yè)應(yīng)繳納土地增值稅為217.11萬元。
用方法一計算的理由是，土地增值稅首次進行清算之后，再銷售是一個獨立的銷售行為，是建立在首次清算確認過單位建筑成本費用的基礎(chǔ)之上。因此，土地的增值額、增值率很容易計算出來，適用稅率也容易確定，套用公式計算就可得知，且計算過程非常簡便，便于稅務(wù)人員的稅收管理征管。
方法二，2009年取得的500萬元售房收入，增值額計算方法同方法一，都是412.75萬元，但增值率的確定就不一樣了。根據(jù)配比原則計算相應(yīng)的扣除項目，確定增值率，以此來計算土地增值稅。
確定增值率的計算過程為：售房的全部收入＝首次清算收入1350萬元+再銷售500萬元＝1850萬元，開發(fā)成本及費用扣除金額＝首次清算扣除金額1167.2萬元+再銷售扣除金額87.25萬元＝1254.45萬元，增值額＝1850萬元-1254.45萬元＝595.55萬元，增值率47.47%。
由于增值率是47.4，未超過50%，對應(yīng)的適用稅率為30%，速算扣除系數(shù)為0，應(yīng)繳納土地增值稅123.83萬元。
用方法二計算的理由是，在國家稅收政策沒有改變的情況下，對于同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目的應(yīng)納土地增值稅是一個確定值，不可能是隨著銷售的時點不同而改變，不管過程如何變化，但最終土地增值稅適用稅率肯定是一個定值。
筆者認為，從實際情況看，土地增值稅首次清算后如有存量房未銷售，在清算后企業(yè)再次銷售存量房是一個很正常的情況。更重要的是，一個開發(fā)項目銷售完畢后，清算的土地增值額、增值率和應(yīng)納土地增值稅應(yīng)是唯一的，不應(yīng)該有兩個以上的結(jié)果。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）規(guī)定，在土地增值稅清算時未轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)，清算后銷售或有償轉(zhuǎn)讓的，納稅人應(yīng)按規(guī)定進行土地增值稅的納稅申報，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計算。這里規(guī)定了扣除項目的計算，但對稅率的適用沒有明確規(guī)定。因此，在清算土地增值稅時，按方法二進行通盤考慮綜合計算，并不違反相關(guān)規(guī)定
