進攻土倫的作戰(zhàn)計劃，早在7月底召開的軍事會議上就已基本確定。當時，會議認為：鑒于土倫東面的法朗山地地形險要，炮壘堅固，易守難攻，且有重兵防守，因此，不宜將主要兵力集中于東線，而應將主要進攻方向選擇在敵人防御薄弱的西線，即從奧利烏爾方向進擊，從西面奪占土倫。討論巴黎下達的新的作戰(zhàn)計劃。這個計劃規(guī)定：集中一支60,000人的軍隊，不管敵人正面的火力如何，而從東、西兩個方向同時發(fā)起進攻。首先，奪占法朗山地、法朗炮臺、魯日炮臺、勃蘭炮臺和圣卡特林炮臺，粉碎敵人的外圍防線；爾后，前出到土倫要塞附近，挖掘塹壕，構筑工事，待條件成熟后，伺機攻占土倫。
對此，拿破侖很不贊同，于是提出一個完全相反的作戰(zhàn)方案。他認為，上述計劃實際上很難行得通。這是因為：首先，敵人在土倫外圍的防線上，既有堅固的工事，又有良好的地形，還有地面火力和艦炮火力進行支援，可說是炮堅城固，兵力充足，要想從正面攻破，絕非容易之事；其次，正面強攻，倘若久攻不克，形成對峙，那就勢必遷延時日，使敵人贏得調集援兵和鞏固防御的時間；第三，正面進攻即使得手，也很容易迫使敵人燒毀倉庫、炸毀船塢、破壞軍械庫，攜走全部法國軍艦，甚至洗劫土倫全市，一旦出現(xiàn)這種情況，對于迫使敵人投降和保全整個城市，顯然都是不利的。
既然如此，那么，奪取土倫的最好辦法又是什么呢？拿破侖提出，應該首先集中主要兵力，攻占港灣西岸的馬爾格雷夫壘（英國人稱為小直布羅陀），奪取克爾海角，然后，集中大量火炮，猛烈轟擊停泊在大、小停泊場內的英國艦隊，切斷英國艦隊與土倫守敵之間的聯(lián)系，迫使英艦撤出港口。如能這樣，則土倫守敵在一無退路、二無援兵、三無火力支援的情況下，必然不攻自破。這時，法軍即使只有不大的兵力，也可以迅速攻占土倫。拿破侖還進一步提出：為了有效地封鎖大、小停泊場，使英國艦隊無法立足，法軍攻占小直布羅陀和克爾海角之后，應立即在埃吉利耶特海角和巴拉去耶海角各設一座大型堡壘，并且應分別配置30門發(fā)射36磅炮彈和24磅炮彈的火炮，4門發(fā)射16磅赤熱炮彈的火炮，以及10門戈美爾式臼炮，以便構成足夠的火力密度。 拿破侖這一大膽而新穎的作戰(zhàn)計劃，顯示了他敏銳的洞察力和豐富的想象力，使與會人員驚嘆不已。國民公會的特派員薩利希蒂和賈斯巴林，一致支持拿破侖的設想。據此擬定納新計劃，被立即送往巴黎，并很快獲得批準。拿破侖因此受命擔任攻城炮兵的副指揮。
一個如此重大的戰(zhàn)役行動，竟然按照一個年輕指揮官提出的方案來組織實施，當時似乎難以令人置信。然而，后來的結果表明，正是這個普通而又出色的計劃，大大影響和改變了整個戰(zhàn)役的進程與結局。
其實，早在1個月以前，拿破侖就看到了小直布羅陀的價值，認為它是打開土倫的鑰匙。當時，他多次向卡爾托將軍建議，派出足夠的兵力奪占并固守小直布羅陀和克爾海角高地，以便在埃吉利耶特和巴拉去耶兩個海角邊上設置自己的炮壘。傲慢無知的卡爾托將軍并不懂得這樣做的重要意義。他以兵力不足為借口，僅僅派去了400人。結果，反而把機會讓給了敵人。幾天以后，聯(lián)軍4,000人在克爾海角登陸，趕走了法國人，奪占了克爾海角和小直布羅陀堡。
歷史事例表明，戰(zhàn)場上具有重要戰(zhàn)役戰(zhàn)術意義的地理位置，對作戰(zhàn)雙方是毫無偏愛的。誰先認識到它的價值，誰先采取果斷行動奪取它，它就為誰服務，并成為另一方的巨大障礙。被卡爾托將軍忽略了的，聯(lián)軍卻給予了應有的重視。他們用了整整一個月的時間，把馬爾格雷夫堡變成了一個名副其實的“小直布羅陀”。1個月后，當攻城部隊的將軍們再次把目光轉向克爾海角時，形勢己截然不同了。由于卡爾托將軍的失誤，聯(lián)軍贏得了足夠的時間來加強自己的陣地，而法軍卻白白放過了一個不可多得的絕好機會。
