登陸后，鄭成功一面立即向荷軍發(fā)動軍事攻勢，一面致書荷方強(qiáng)調(diào)臺灣乃中國之土地，荷方應(yīng)將臺灣無條件歸還。鄭軍攻克赤嵌城后，繼而采取圍困的策略，封鎖了荷蘭殖民者在臺灣的統(tǒng)治中心——臺灣城。
殖民者當(dāng)局從巴達(dá)維亞，也就是今天西印度尼西亞的雅加達(dá)拼湊了七百名援軍，鄭成功用火船燒毀了荷軍主力艦——克登霍夫號，并用密集的火炮，擊沉了戰(zhàn)艦科克倫號，同時還俘獲了小艇三艘。
戰(zhàn)敗的荷軍倉皇逃回巴達(dá)維亞，再也不敢靠近臺灣。荷蘭援軍逃離后，在臺灣城被圍困近九個月的荷蘭殖民者，因大勢已去，彈盡糧絕，不得不選擇投降。至此，被荷蘭殖民者侵占長達(dá)三十八年之久的寶島臺灣，重新回到了炎黃子孫的懷抱。
當(dāng)這一切剛剛初見成效，年僅三十九歲的鄭成功，卻不幸于公元1662年五月初八去世了。后面的工作，實際上是他的長子鄭經(jīng)繼續(xù)開發(fā)臺灣，繼續(xù)進(jìn)行開發(fā)荒地，進(jìn)行屯墾，發(fā)展農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，然后還在手工業(yè)以及貿(mào)易方面繼續(xù)發(fā)展。在這三十年時間，基本上把臺灣建成一個跟大陸的明朝基本相同的，跟清朝相對峙的一個區(qū)域。
三藩之亂爆發(fā)后，鄭經(jīng)認(rèn)為反清復(fù)明的機(jī)會來了，于1674年親帥大軍西征，但這次行動的結(jié)果是損兵折將大傷元?dú)?。公?681年正月為酒色所戕的鄭經(jīng)中風(fēng)死去，鄭經(jīng)死后，鄭氏政權(quán)內(nèi)部因爭奪統(tǒng)治權(quán)發(fā)生動亂。接下來的三年，旱災(zāi)、水災(zāi)、火災(zāi)接踵而至，臺灣經(jīng)濟(jì)大幅度下滑，民生困頓，臺灣的前途再次陷入迷茫。
對于鄭氏在沿海和臺灣的動向，清廷一直密切注視，并采取應(yīng)對之策。在以招撫手段誘使鄭氏歸降的同時，也盡力進(jìn)行軍事打擊。康熙三年十一月，福建水師提督、靖海將軍施瑯，奉命統(tǒng)率周全斌等原鄭氏降清水軍，開始了遠(yuǎn)征臺灣的行動，但先后兩次的進(jìn)攻都因遭遇颶風(fēng)無功而返。這致使清廷對施瑯心存疑慮，康熙七年撤掉福建水師提督，召施瑯進(jìn)京授予內(nèi)大臣。
