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Western Blot詳解(原理、分類、試劑、步驟及問題解答)

9. 條件的摸索

 

DDD. 用的是Santa Cruz的抗體,也實(shí)驗(yàn)過一抗和二抗肯定能結(jié)合,二抗加DAB肯定能顯色。電泳的膠用考馬斯亮藍(lán)染色沒問題,但是不知道與Marker對(duì)應(yīng)的條帶是否是我要的(我目的蛋白的分子量分別是55KD、29KD)。半干法2小時(shí)轉(zhuǎn)膜后,麗春紅染色發(fā)現(xiàn)大分子量蛋白轉(zhuǎn)過去的較少。難道是裂解液出了問題?我用的是三去污劑,但沒加疊氮鈉和大概叫Apoptin的那種蛋白酶抑制劑。冰上裂解 -80度凍存的細(xì)胞,4度12000g離心5分鐘,取上清,與分子克?。ǖ诙妫┥系募訕觔uffer混合,沸水變性5分鐘,上樣。不知道是哪里出了問題?
解答:建議:1、首先確定您提的蛋白質(zhì)量如何?可用PIERCE公司的BCA試劑盒測(cè)蛋白的濃度,一般來講,其濃度應(yīng)該在幾-20微克/微升。
2、若是蛋白沒問題,哪就看是不是電泳的問題,首先要看膠的濃度,您目的蛋白的分子量分別是55KD、29KD,建議分別用10%和12%的膠。60-80V,1小時(shí)左右。跑過積層膠與分離膠的線時(shí),換用100V,3-4小時(shí)。
3、轉(zhuǎn)膜,建議恒壓,15V,不用轉(zhuǎn)2小時(shí),45分鐘足以。您所說的大蛋白轉(zhuǎn)過去的,并不是真正的少,而是因?yàn)樵谔岬牡鞍字写蟮鞍妆旧砭秃苌?。我曾?jīng)也轉(zhuǎn)過2小時(shí),但和45分鐘的區(qū)別并不大。
4、根據(jù)MARKER的條帶(我的是7條帶:14、18、25、35、45、66、116KD),您根據(jù)MARKER的條帶剪下25與35之間(29KD)的條帶,45-66之間(50KD)的條帶。這樣第一,可以節(jié)省抗體,第二,您要的目的條帶肯定在上面。
5、延長1抗、2抗孵育時(shí)間(我曾室溫1小時(shí),4度過夜),適當(dāng)加大1抗?jié)舛取?br>6、我買的也是Santa Cruz的抗體,我覺得質(zhì)量還可以,我想您應(yīng)該先找其他方面的原因。

EEE. 電泳用的是恒流,一塊膠,20mA,100分鐘左右。轉(zhuǎn)膜也是恒流,38mA,100分鐘。而且我用別人的細(xì)胞和一抗在我的整個(gè)反應(yīng)體系下做出來了,當(dāng)然彼此的目的蛋白不同。所以,我想問題應(yīng)該出在抗原和一抗上,不知對(duì)不對(duì)。
解答:電泳的條件:樣品的分子量決定了膠的濃度,一般使樣品跑至膠的中部即可。正常條件下,電泳時(shí)溴酚藍(lán)和10kd左右蛋白跑在一起。由此可以決定電泳的電壓和時(shí)間。建議你用恒壓80-100伏。

FFF. BIO-RAD的半干轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)有一個(gè)很致命的弱點(diǎn)就是無法控溫(我用的就是這種),當(dāng)電流過高,而系統(tǒng)的散熱又比較差,濾紙的吸水性比較差的情況下,就很容易燒膠。
就轉(zhuǎn)膜時(shí),是采取恒壓還是恒流的問題,我想和大家探討一下,我感覺我這個(gè)系統(tǒng)用恒流很容易燒膠,我的膠有68cm2,用50mA恒流來轉(zhuǎn)膜,剛開始電壓就很高,有20 v左右,而用恒壓,開始電流有110mA,但15min后,電流就降到8OmA,30min后就穩(wěn)定在40mA,不就相當(dāng)于恒流嗎?
解答:恒流時(shí)電壓逐漸升高的原因是濕濾紙逐漸變干因而電阻逐漸增大的緣故,如果電壓升得太快,可以使濾紙更濕一些以克服。就我的感覺,20V的電流30min以后20Kd以下的分子丟失很多,不過我用的是小膠40cm2,不知有無不同。

GGG. 我想盡量提高轉(zhuǎn)膜的效率(我的實(shí)驗(yàn)要求轉(zhuǎn)到膜上的蛋白越多越好,不管是什么大小蛋白)不知道有那些辦法?
解答:不管怎么轉(zhuǎn)都會(huì)存在蛋白轉(zhuǎn)移不完全(電壓過小時(shí)間過短)或過度轉(zhuǎn)移(電壓過大時(shí)間過長)的問題,魚(小分子量蛋白)和熊掌(大分子量蛋白)不可得兼呵呵。建議把膠切成兩半,比如以35KD為界,分別進(jìn)行轉(zhuǎn)膜,下半時(shí)間短,上半時(shí)間長一點(diǎn),應(yīng)該會(huì)好一些。

HHH. 請(qǐng)問一下PVDF膜和硝酸膜結(jié)合蛋白的原理是什么?
解答:一般而言,硝酸纖維素膜是通過疏水作用來和蛋白質(zhì)相聯(lián),這樣的話,反復(fù)洗幾次后,蛋白容易掉下來,結(jié)果較差。尼龍膜主要通過它膜上的正電荷和蛋白接合(注:常用的PVDF即帶正電荷的尼龍膜),同時(shí)也有疏水作用,但相對(duì)較弱。這樣的話,PVDF膜和蛋白接合較牢,不易脫落,結(jié)果較好。

III. 1、煮好后的樣品,若沒有及時(shí)上樣分離,應(yīng)如何保存,可以保存多久?2、有沒有人在用bio-rad的小型垂直電泳槽,有沒有操作手冊(cè)?3、濕式轉(zhuǎn)移時(shí)是否必須要用bio-rad的專用濾紙?4、恒壓轉(zhuǎn)移的條件如何確定,因?yàn)槲乙蛛x小至21KD,中至66KD,大致170KD的蛋白質(zhì),轉(zhuǎn)移條件能夠相同嗎?5、凝膠的濃度是不是可以用一個(gè)濃度?書上寫不同的凝膠濃度分離的分子量范圍不同,還給出了一個(gè)線形范圍,是不是不在這個(gè)范圍內(nèi)也能分離,只是就不是線性范圍了?
解答:1、煮好后的樣品,放到-20,我們?cè)谝粋€(gè)月后此樣品,效果一樣。
2、bio-rad的小型垂直電泳槽的操作手冊(cè)在他們的主頁Bio-Rad USA上有。
3、轉(zhuǎn)移時(shí)一般的WATERMEN濾紙就可以。
4、轉(zhuǎn)移條件是和蛋白質(zhì)大小有關(guān)的:以次確定電壓和時(shí)間。具體可讓ptglab幫你定奪。
5、凝膠的濃度也是和分離蛋白質(zhì)大小有關(guān)。不是隨心所欲選的,否則分離效果可能不是你所期望的。

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