太平洋戰(zhàn)爭前日本海軍艦艇隸屬關系較為復雜，海軍部對戰(zhàn)斗艦艇甚至主力戰(zhàn)艦被臨時組建、零散編隊、軍種協(xié)助、擴建改造、船廠修理、退出現役、訓練艦艇等情況大為傷神。由于日本擴張野心的極度膨脹和與美英開戰(zhàn)在即，針對戰(zhàn)斗艦艇不能統(tǒng)一指揮和管理失控的現象，1941年11月日本海軍部責成聯(lián)合艦隊對所屬戰(zhàn)斗艦艇進行第一次戰(zhàn)時整編重組。于1941年12月1日完成并實施。山本五十六海軍大將任聯(lián)合艦隊司令長官（1939年8月31日出任該職）。以聯(lián)合艦隊為綜合作戰(zhàn)艦隊，下轄第一艦隊（戰(zhàn)列艦），第二艦隊（重巡洋艦），第三艦隊（封鎖運輸艦艇），第四艦隊（各占領區(qū)艦艇），第五艦隊（北方警戒艦艇），第六艦隊（潛艇），第1航空艦隊（航空母艦），第11航空艦隊（岸基飛機），以及南遣艦隊（混合艦艇）。本次整編重組使聯(lián)合艦隊的規(guī)模達到有史以來最高峰。
山本五十六
1941年12月7日晨（夏威夷時間）。日本海軍的特遣艦隊出動6艘航空母艦（艦載機423架）和40多艘其他艦船，在短短的一個多小時里，在目瞪口呆驚慌失措的美國人面前，日軍共投擲魚雷40枚，各型炸彈556枚，共計144噸。共擊沉美國太平洋艦隊主力戰(zhàn)列艦擊沉戰(zhàn)列艦4艘、重巡洋艦2艘、輕巡洋艦2艘、驅逐艦6艘和油船1艘、炸沉炸傷戰(zhàn)列艦、巡洋艦、驅逐艦及各種輔助艦艇20多艘，擊毀、擊落飛機265架。美軍官兵陣亡2403人，受傷1778人。美陸軍、海軍機場全部被毀。偷襲珍珠港之戰(zhàn)成了戰(zhàn)爭史上首次海上、水下、空中閃電式的立體襲擊戰(zhàn)，聯(lián)合艦隊大規(guī)模使用海軍艦載機實施突然襲擊，是現代化立體戰(zhàn)的完美展現。動用聯(lián)合艦隊整合后的三分之一艦船，航空母艦6艘（75%）戰(zhàn)列艦2艘（20%）重巡洋艦2艘（11%）輕巡洋艦1艘（4%）驅逐艦11艘（14%）潛艇30艘（53%），一舉將美國太平洋艦隊擊垮。此次突襲成功，是繼對馬大海戰(zhàn)后聯(lián)合艦隊的最經典之作。而對美國人，這是一場自從美利堅合眾國成立以來，在本土經歷了兩次大襲擊的第一次（另一次是9·11事件）。
偷雞不成蝕把米。由于聯(lián)合艦隊航空母艦編隊和各分遣隊在中途島戰(zhàn)役中慘敗，損失巨大，使日美戰(zhàn)略形勢發(fā)生了逆轉，迫使日本由戰(zhàn)略進攻轉入戰(zhàn)略防守。開戰(zhàn)半年，一個月內損失5艘主力航空母艦，對聯(lián)合艦隊的打擊程度是可想而知的。處于戰(zhàn)略局勢的需要，1942年7月14日山本五十六不得已對聯(lián)合艦隊所轄艦艇進行了第二次戰(zhàn)時整編重組。
古賀峰一
瘦死的駱駝比馬大。雖說1943年美軍在南太平洋和西南太平洋發(fā)起的全面戰(zhàn)略反攻，并加強了海上和空中的打擊力度，擊破日本第一防衛(wèi)圈，但美軍還沒有達到一舉擊垮聯(lián)合艦隊的能力。1943年4月18日聯(lián)合艦隊司令長官山本五十六海軍大將戰(zhàn)死，1944年5月的繼任聯(lián)合艦隊司令長官古賀峰一海軍大將失蹤，及瓜納爾卡納爾島兵敗撤軍，直接影響到海軍的戰(zhàn)略決策和部署，聯(lián)合艦隊艦艇損失不斷，戰(zhàn)局進一步惡化。1945年5月豐田副武海軍大將出任戰(zhàn)時第三任聯(lián)合艦隊司令長官。1944年6月15日上任不久的豐田副武對聯(lián)合艦隊所轄艦艇進行了第三次戰(zhàn)時整編重組。
豐田副武
馬里亞納海戰(zhàn)后，美軍開始對日本進行遠程轟炸，直接威脅日本本土安全，日本海軍和陸軍節(jié)節(jié)敗退。1944年10月15日豐田副武對聯(lián)合艦隊所轄艦艇進行了第四次戰(zhàn)時整編重組，雖然此時聯(lián)合艦隊不如第一次整編時完整，但家底還算殷實，并補充了一些新艦和飛機。此次整合時所轄艦艇和各艦隊各戰(zhàn)隊建制還是比較完整的。這也是聯(lián)合艦隊最后一次整體戰(zhàn)略整合。
由于美軍開始菲律賓戰(zhàn)役在萊特灣登陸，1944年10月24日聯(lián)合艦隊進行的第五次戰(zhàn)時整編重組。與聯(lián)合艦隊前幾次的整體戰(zhàn)略整合不同，此次沒有將所轄全部艦艇統(tǒng)一整合，而作為局部戰(zhàn)術編成，臨時組成2個游擊艦隊（主攻）和1個機動艦隊（誘餌），其主要目的是殲滅美軍在萊特灣的登陸部隊和運輸艦艇。
1944年10月25日在菲律賓水域進行了人類戰(zhàn)爭史上規(guī)模最大的?？諔?zhàn)--萊特灣大海戰(zhàn)，其中蘇里高海戰(zhàn)是人類史上最后一次海上水面艦艇炮戰(zhàn)。聯(lián)合艦隊遭受致命的一擊，日本主力戰(zhàn)艦損失慘重，4艘航空母艦被美軍擊沉，同時還損失包括超級戰(zhàn)列艦武藏號在內的其他22艘各類軍艦。徹底被擊垮的聯(lián)合艦隊元氣大傷，昔日輝煌不在。從此，日本聯(lián)合艦隊失去遠洋作戰(zhàn)能力，以現有力量根本無法與強大的美軍抗衡，完全失去與美軍進行?？兆鲬?zhàn)的能力。美軍突入日本第二防衛(wèi)圈，登陸攻占日本外圍島嶼，并利用強大的?？諆?yōu)勢向日本發(fā)動猛烈攻勢，直接威脅日本的海上交通生命線。此時聯(lián)合艦隊的各艦隊戰(zhàn)隊建制完全被打亂，組織結構形同虛設，1945年1月10日，豐田副武對聯(lián)合艦隊剩余艦艇進行了第六次戰(zhàn)時重組，此次屬戰(zhàn)略防御性整合，艦隊和基地并用。此次整合的全部艦艇不到開戰(zhàn)時的三分之一。由于缺少飛行人員和飛機，聯(lián)合艦隊剩余殘損的航空母艦不可能與盟軍進行一次?？諔?zhàn)。沒有制空權的主力戰(zhàn)艦只得充當護航和運輸艦船，部分損壞嚴重的艦艇龜縮在港內無法出海航行，只能作為固定防空炮臺使用。
1945年3月6日美軍攻占菲律賓首都馬尼拉，強大的海空優(yōu)勢基本切斷了日本的南北海上交通生命線。3月26日美軍陸戰(zhàn)隊占領硫磺島，美軍飛機以硫磺島為基地開始對日本本土實施近距離轟炸。日本本土已開始出現能源危機，聯(lián)合艦隊各種艦艇被限制出海。1945年3月1日聯(lián)合艦隊對所轄艦艇進行了第七次戰(zhàn)時重組，屬防御性整合，基本以港口和飛行基地為主。將本土剩余作戰(zhàn)艦艇編成第二艦隊（包括3艘殘損的航空母艦），南洋的作戰(zhàn)艦艇編成臨時組建的第10方面艦隊。
1945年4月1日，為進攻日本本土做好戰(zhàn)略部署準備，美軍向沖繩島發(fā)起登陸作戰(zhàn)。1945年4月6日，日本聯(lián)合艦隊司令官豐田副武海軍大將向聯(lián)合艦隊發(fā)出“天一號作戰(zhàn)”作戰(zhàn)命令，命令第二艦隊司令伊藤整一海軍中將組成以超級戰(zhàn)列艦大和號旗艦為主，第2水雷戰(zhàn)隊旗艦矢蚓號輕巡洋艦和8艘驅逐艦的海上特攻艦隊。此次是以第二艦隊（無第１航空戰(zhàn)隊3艘殘損航空母艦）作為局部突擊戰(zhàn)術作戰(zhàn)，臨時組成的送死戰(zhàn)隊，不應視為聯(lián)合艦隊戰(zhàn)時重組。但這也是日本本土最后具有作戰(zhàn)能力的艦艇戰(zhàn)隊了。
小澤治三郎
太陽旗凋零。名存實亡的聯(lián)合艦隊已無力阻止美軍大踏步海上的進攻，無論是艦隊戰(zhàn)隊還是航空隊基本喪失殆盡。歐戰(zhàn)結束，盟軍軍事力量集聚太平洋，日本戰(zhàn)敗已成定局。1945年5月小澤治三郎海軍中將出任戰(zhàn)時第四任聯(lián)合艦隊司令長官。1945年6月1日垂死掙扎的聯(lián)合艦隊對殘缺不全寥寥無幾的艦艇進行了最后一次戰(zhàn)時重組，此時只有第10方面艦隊第5戰(zhàn)隊旗艦羽黒號重巡洋艦、足柄號重巡洋艦、第11水雷戰(zhàn)隊旗艦酒勾號輕巡洋艦及幾艘驅逐艦和在海上東躲西藏的第六艦隊的幾艘伊型潛艇具有作戰(zhàn)能力。這次是以基地性質進行的被動戰(zhàn)術防御性整合，因無艦載機和陸航機作戰(zhàn)，完全喪失制空權。其他本土和南洋的艦艇非殘即傷，躲藏在港口基地茍延殘喘任憑美軍轟炸。而具有作戰(zhàn)能力的只能充當護航艦和運輸艦。隨著戰(zhàn)爭結束，沒落的聯(lián)合艦隊連這最后僅殘存的一點家底也所剩無幾。直到戰(zhàn)后被盟軍接收。
