倭寇浙江失利以后，從浙江轉(zhuǎn)移到福建。嘉靖三十七年（1558）倭寇攻陷福清，三十九年（1560）攻福寧（今霞浦），陷福安，四十年（1561）陷寧德，四十一年（1562）又攻占永寧（今晉江東南）。
倭寇入侵
整個福建，“北自福建福寧沿海，南至漳、泉，千里蕭條，盡為賊窟”（戚繼光奏疏），形勢十分緊張。福建巡撫游震得上疏，請求派浙兵援閩。
明世宗遂命胡宗憲遣戚繼光領(lǐng)兵開赴福建。嘉靖四十一年（1562）七月二十一日晚，戚家軍從溫州乘船向福建進發(fā)，八月一日凌晨，達到福寧（今福建霞浦），八日橫嶼大捷。
按胡宗憲指示，戚繼光的軍隊本應(yīng)在橫嶼戰(zhàn)后回浙，但監(jiān)軍王春澤是福建人，希望戚家軍可以保衛(wèi)他的家鄉(xiāng)，另一監(jiān)軍汪道昆也希望蕩平倭寇，戚繼光在戰(zhàn)斗中和兩位監(jiān)軍結(jié)下深厚友誼。
義烏兵
戚家軍的義烏兵對戚繼光的德政也很感激，都愿意為消滅入閩倭寇而戰(zhàn)斗，于是作為胡宗憲的老鄉(xiāng)汪道昆寫信給胡宗憲，請求將戚繼光留閩，轉(zhuǎn)戰(zhàn)牛田抗倭，胡宗憲答應(yīng)了汪道昆的請求。
戚繼光遂率軍向福清進發(fā)。明軍於八月二十九日齊集福清，倭寇在烽頭、?？?、東澳、大澳、杞店、牛田等地與“山寇”結(jié)合，有數(shù)萬人。九月一日，戚家軍奇襲杞店，次日直搗牛田。
倭寇向泉州惠安方向逃竄，最后盤踞在興化林墩。牛田戰(zhàn)后，戚家軍駐扎福清。九月十二日，當?shù)弥獢橙嗽诹侄蘸?，戚繼光急行軍七十里。
戚家軍
十三日在窯兜（今莆田東南黃石鎮(zhèn)的瑤臺）追上敵人，將其徹底殲滅。此戰(zhàn)殲敵兩千零二十三人，俘虜十三人。明軍陣亡六十九人。
嘉靖四十一年（1562）十二月，明廷任命戚繼光為副總兵，分守溫州、處州、福寧、福州、興化地方。嘉靖四十一年，倭寇陷興化府，福建震動。
興化是福建的戰(zhàn)略要地，朝廷調(diào)俞大猷和戚繼光迅速入閩救援，嘉靖四十二年（1563）二月，戚繼光在義烏募兵。
先后進行了平海衛(wèi)戰(zhàn)役、仙游戰(zhàn)役、同安縣的王倉坪戰(zhàn)役和漳浦縣的蔡丕嶺戰(zhàn)役。從此盤踞福建的倭寇殲滅殆盡。
俞大猷
倭寇在福建難以立足又轉(zhuǎn)向廣東。嘉靖四十四年（1565），戚繼光率部進入廣東南澳等地，殲滅勾結(jié)倭寇的吳平，廣東沿海倭寇基本平息。自此倭寇脫歸者，知犯華不利，不敢復窺八閩。
戚繼光是杰出的軍事家，在長期的戰(zhàn)爭實踐中寫下了《紀效新書》、《練兵實紀》等兵學著述。其詩文也頗可觀，四庫館臣稱“其詩伉健，近燕趙之音”，“格律頗狀”，其詩文集合刊為《止止堂集》。
