IGV是本地瀏覽測(cè)序數(shù)據(jù)功能最為強(qiáng)大的基因組瀏覽器，支持多種不同類型的輸入格式和不同的顯示方式，如峰圖、線圖、柱狀圖、Sashimi-plot。同時(shí)還可以配合bedtools使用。
新版的Windows IGV分發(fā)包中包含了Java運(yùn)行環(huán)境，點(diǎn)擊鏈接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93.zip即可下載，解壓后，點(diǎn)擊igv.bat文件即可啟動(dòng)。
若啟動(dòng)失敗，使用記事本打開并編輯igv.bat文件，在文件的最后新起一行輸入pause，保存后，再嘗試打開，就可以在Windows下的命令行界面（黑色背景的小框中）看到錯(cuò)誤信息，根據(jù)信息提示去解決問(wèn)題。
IGV具體使用如下：
如果基因組未存在于當(dāng)前列表中，則選擇更多從Broad IGV獲取對(duì)應(yīng)的基因組信息。若所研究的物種沒有被Broad IGV收錄，則需要自己構(gòu)建基因組信息。具體參見前面發(fā)過(guò)的文章 （在公眾號(hào)后臺(tái)輸入 IGV基因組索引 即可獲?。?。
IGV展示所用的bw文件可以直接從bam文件得來(lái)。下面列出幾個(gè)工具和相應(yīng)的代碼輔助轉(zhuǎn)換?？紤]到不同樣品的測(cè)序深度不同，需要根據(jù)樣品的測(cè)序量做一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化處理，建議使用deepTools的bamCoverage命令。
IGV是一個(gè)界面可操作軟件，學(xué)習(xí)的方式就是每個(gè)菜單點(diǎn)開看看，點(diǎn)選下看下效果，比如修改下Track的顏色，Track的高度，縱軸的坐標(biāo)范圍Auto scale, Log scale 或 Data range等方便比較。
如果想比較多個(gè)基因的表達(dá)峰圖，可以先在IGV中添加相應(yīng)的基因列表，然后針對(duì)特定的列表選擇view，就可以在一個(gè)屏幕顯示所有加入的基因。
如果我們要查詢的區(qū)域很多，可以配合bedtools igv -i input.bed，生成一個(gè)腳本，批量捕獲多個(gè)區(qū)域的比對(duì)信息或coverage信息。使用Tools - Run Batch Script - 選擇bedtools igv的輸出結(jié)果，即可以看到動(dòng)畫般的截屏界面。完成后，就可以一張張的瀏覽圖片或者傳給沒有安裝IGV的老師或朋友查看。
構(gòu)建自己的基因組索引
在IGV的菜單欄點(diǎn)擊 Genomes>Create .genome File，會(huì)彈出一個(gè)窗口填寫需要的信息。
輸入一個(gè)ID和基因組的描述信息，這個(gè)ID等同于常見的mm10，會(huì)作為構(gòu)建的基因組索引的名字。
使用 samtools faidx genome.fasta索引基因組文件，然后輸入基因組FASTA格式文件的路徑。
提供基因注釋的GTF文件，這個(gè)文件可以是拼裝基因組預(yù)測(cè)的基因，也可以是cufflinks 等拼裝的轉(zhuǎn)錄組的GTF文件。
其它的選項(xiàng)可以忽略。
點(diǎn)擊 Save，選擇基因組索引文件*.genome的存儲(chǔ)路徑。
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