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你會(huì)用到的網(wǎng)站：

IGV 官網(wǎng)http://software.broadinstitute.org/software/igv/download～ Broadinstitute出品

Java version8 下載： https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

IGV內(nèi)置的物種基因組及基因組來(lái)源：http://software.broadinstitute.org/software/igv/Genomes

完整的官方幫助文檔：http://software.broadinstitute.org/software/igv/book/export/html/6

寫(xiě)在前面：

之前mac不小心升級(jí)了一下java，然后igv就不能用了，要寫(xiě)教程必須降級(jí)java

1. 首先，看官方說(shuō)明，需要安裝Java -8，9以上版本不支持。我的mac不知道什么時(shí)候更新到了java 10，按說(shuō)可以向下兼容，但是事與愿違，igv不能正常使用了。

2. 需要降級(jí)Java，mac用戶可以直接參考，windows可以試下直接下載安裝IGV：

• 先刪除原來(lái)的java

  • terminal打開(kāi)終端，復(fù)制粘貼一下三條命令：

sudo rm -fr /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin
sudo rm -fr /Library/PreferencesPanes/JavaControlPanel.prefPane
sudo rm -fr ~/Library/Application\ Support/Java

• ??：不要通過(guò)/usr/bin 刪除 Java 工具來(lái)卸載 Java。此目錄是系統(tǒng)軟件的一部分，下次對(duì)操作系統(tǒng)執(zhí)行更新時(shí)，Apple 會(huì)重置所有更改。

• finder中進(jìn)入 /Library/Java/JavaVirtualMachines，然后刪除之前的jdk.版本號(hào)

• 下載安裝新的Java version8

  • https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp一步步安裝就好

• 【Windows用戶下載，解壓后，點(diǎn)擊igv.bat文件即可啟動(dòng)；如果啟動(dòng)失敗，用記事本打開(kāi)并編輯igv.bat文件，在文件的最后新起一行輸入pause，保存后，再嘗試打開(kāi)，就可以在Windows下的命令行界面（cmd命令提示符）看到錯(cuò)誤信息，再根據(jù)信息提示去解決問(wèn)題；不過(guò)一般問(wèn)題不大】

IGV安裝

正文開(kāi)始：

好啦，問(wèn)題解決啦，開(kāi)始正式IGV介紹！

什么是IGV

它是一款本地的探索基因組數(shù)據(jù)的可視化瀏覽器，有多個(gè)系統(tǒng)版本，支持多種不同類(lèi)型的輸入格式，包括芯片測(cè)序、二代測(cè)序、基因組注釋文件等。推薦使用BAM與SAM格式，主要格式見(jiàn)下表

一睹IGV

每次打開(kāi)會(huì)自動(dòng)加載hg19.fa文件，也就是人類(lèi)基因組，一會(huì)進(jìn)入主界面

主界面

自己構(gòu)建基因組信息

這里我會(huì)舉一個(gè)昆蟲(chóng)中一種——棉鈴蟲(chóng)，這個(gè)基因組是17年2月更新在NCBI傷的，屬于小眾物種，IGV并沒(méi)有收錄。正好拿來(lái)練手，當(dāng)然如果你研究的領(lǐng)域也有基因組被測(cè)出來(lái)，也可以試一試【注意：在提交基因組文件到IGV之前，要先構(gòu)建索引】

這些工作都可以在本地進(jìn)行，只需要打開(kāi)你本地的git_bash或者putty/xshell或者terminal，解壓縮基因組文件=》下載samtools（推薦用conda管理）=>構(gòu)建索引samtools faidx genome.fasta=>IGV中 輸入fasta文件路徑=》提供注釋文件（可以是組裝基因組預(yù)測(cè)的基因注釋文件，也可以是拼接轉(zhuǎn)錄組用的gtf文件）=〉其他選項(xiàng)可以忽略=》點(diǎn)擊OK推彈出一個(gè)框讓你輸入存儲(chǔ)路徑

自定義基因組

查看注釋文件

這里以人類(lèi)基因組注釋文件為例，下載gtf到電腦
下載完不要急著導(dǎo)入，需要先構(gòu)建索引

導(dǎo)入注釋文件

然后會(huì)生成gff3.idx或者gtf.idx文件，說(shuō)明構(gòu)建了索引，接著導(dǎo)入File -> Load from file，選擇sorted的注釋文件

查找基因

查看bam文件

我這里準(zhǔn)備的bam文件大小是2.8G，是由人類(lèi)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)得到的，準(zhǔn)備的參考基因組是hg19，注釋文件是gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3

1. bam文件在導(dǎo)入前，要先使用samtools進(jìn)行sort和index，samtools sort test.bam test.sort``samtools index test.sort.bam,生成一個(gè)后綴為“.fai”的文件，它根據(jù)文件名自動(dòng)和.bam關(guān)聯(lián)， 另外這兩個(gè)文件要在一個(gè)文件夾下，最后將bam導(dǎo)入IGV中

2. 載入bam后，默認(rèn)會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)track（翻譯的話，可以理解為不同的軌道，顯示不同的信息）Coverage track和Alignment track。

載入bam后

另外基因組信息也可以有collapsed、expanded、squished三種展示形式

基因組信息

3. 查看Coverage track

   它的意思是顯示比對(duì)文件的覆蓋率和測(cè)序深度。橫坐標(biāo)是基因組上的位置，縱坐標(biāo)是該位置的測(cè)序深度?！臼髽?biāo)放在每一個(gè)位點(diǎn)都會(huì)顯示一個(gè)小方框，其中的的內(nèi)容就是顯示總共有多少reads在這個(gè)位置，每個(gè)堿基各是什么】

   點(diǎn)右上角+放大reads可視化窗口后，track會(huì)以灰色的條形圖來(lái)顯示每個(gè)位點(diǎn)的測(cè)序深度。如果某一個(gè)核苷酸與參考序列相比，有超過(guò)20%的reads是不同的，條形圖會(huì)顯示不同的顏色

Coverage track

顯示特定位點(diǎn)變異

關(guān)于上圖中的右鍵菜單，解釋如下

4. 比較多個(gè)基因

比較多個(gè)基因

這里看到有許多顏色,這些顏色是根據(jù)定義不同比對(duì)類(lèi)型而不同，

不同比對(duì)類(lèi)型顏色也不同

5. 查找結(jié)構(gòu)變異

   灰色：與參看基因組可以比對(duì)的reads

   紫色I：插入（鼠標(biāo)查看插入的堿基信息）

   黑色橫線：——缺失

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