整合基因組瀏覽器(IGV)是一種高性能的可視化工具，用來交互式地探索大型綜合基因組數(shù)據(jù)。它支持各種數(shù)據(jù)類型，包括array-based的和下一代測序的數(shù)據(jù)和基因注釋。IGV這個工具很牛，發(fā)了NB：
要用linux上的IGV（首先需要去官網(wǎng)下載一個Linux下的IGV），然后需要一個遠程控制工具：
這里使用 VNC，網(wǎng)上下載破解版，安裝（輸入注冊碼即可破解，文章底部有注冊碼）。
開啟 linux 的 VNCserver，開啟了之后，linux上會顯示節(jié)點和端口，用于Windows端的連接。
vncserver -geometry 1366x768 #調節(jié)分辨率
開啟服務后，Linux會提示可以登錄的節(jié)點，登錄VNC需要你的ip、端口及VNC密碼。
運行 VNC 客戶端（VNC viewer）里的 IGV.sh 開啟可視化程序（打開Windows的VNC會自動跳轉到Linux下的IGV安裝目錄，雙擊IGV.sh即可打開）。
1.載入?yún)⒖蓟蚪M數(shù)據(jù)
可以點擊選擇一個，也可以通過菜單欄Genomes載入文件。
2.載入排序后的bam文件
通過菜單欄的File，load from file。。。
不是什么數(shù)據(jù)都可以拿IGV看的，參考基因組必須為FASTA格式；
IGV只是負責將比對結果可視化，并沒有比對過程，所以不能直接載入reads；
需要將待比對的reads與前面指定的參考基因組用bwa進行比對；
比對后的sam文件也不能直接載入（麻煩），要轉bam；bam排序；bam建索引（可以一步完成）；
BWA出來的sam文件無法直接被 IGV 利用的，必須經(jīng)過 samtools 處理后才能被 IGV 顯示出來。
samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam
samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted
samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.baisamtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt
wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt更多的使用細節(jié)參照 samtools 使用方法。
IGV 需要設置內存,在看大型基因組時很吃內存.
示例：
下面顯示的是組裝異常區(qū)，這是手動連接的地方，Pacbio全部不能順利跨過去，說明組裝有問題。
以下是單細胞轉錄組比對可視化：
如何去掉右邊自動彈出的框框？
藍色框起來的reads是啥？
…
目錄：
1.tool bar（工具欄），menu bar（菜單欄），pop-up menus（彈出式菜單）。
2.染色體上的紅色盒子表示顯示這部分染色體，顯示完整染色體是紅框會消失。
3.尺度顯示了染色體的可見部分，刻度線顯示了染色體的位置，跨度列表顯示了當前顯示的堿基的數(shù)量。
4.IGV在水平行顯示的數(shù)據(jù)稱為tracks。通常,每個tracks代表一個樣本或實驗。這個例子展示了甲基化、基因表達、拷貝數(shù)，LOH和突變數(shù)據(jù)。
5.IGV也顯示某些特性,比如在tracks中的基因。默認情況下,IGV在一個面板顯示數(shù)據(jù)，在另一個面板顯示數(shù)據(jù)特性。拖放一個track名稱，將一個track從一個面板移動到另一個地方。
6.Track名稱列在最左邊面板。名字的易讀性取決于 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可讀性越小。
7.屬性名稱被列在頂部的屬性面板。彩色塊代表屬性值,每個獨特的值被都有一個獨特的顏色。鼠標放在一個顏色塊的附近來查看其屬性值。
Viewing Alignments（查看比對，核心文檔）
IGV軟件使用指南(博客)
軟件安裝：
RealVNC是一款免費的遠程控制程序，它是VNC （Virtual Network Computing）眾多操作平臺版本中的一員，這里小編提供的RealVNC適用于windows操作平臺，軟件采用2048 位 RSA 服務器驗證和 128 位 AES 會話加密術，安裝此軟件的電腦可在全球各地遠程操控自己的電腦，所操作平臺沒有任何限制。
功能特色
1.Windows 驗證 —— 允許訪問 VNC 服務器以便控制基于標準的 Windows 用戶證書， 無論其是本地的、NT 域或者基于 Active Directory。
2.單一登錄 —— 允許在一個域內部訪問 VNC 服務器而不需要重新輸入用戶的名稱和口令。
3.簡單但有效的部署 —— 用 VNC Tool，即 VNC Deployment Tool for Windows 安裝和 管理 VNC Enterprise Edition 服務器。
4.桌面縮放 —— 通過精確的比例縮放，或動態(tài)縮放為任何大小。
5.Windows 防火墻集成 —— 使 VNC Server 可以更直接的部署。
6.文件傳輸 —— 與 Windows 剪貼板結合，允許通過 VNC 連接在服務器和查看器計算機之間 復制文件而不需要額外的配置。
最好的就是，與 VNC Enterprise 系列的其他產(chǎn)品一樣，VNC Enterprise Edition for Windows是由原始 VNC team 設計、開發(fā)和維護的。
RealVNC注冊碼
3YHED-MNEHC-RMJT5-4UAAK-6A5HA
FBV9V-7Z3V9-MED3U-47SEU-85T3A
HA7MG-J8R3J-R3528-HC6P5-HTQ6A
B7SLM-7MAX5-B4M74-UTDBE-K5WFA
7736G-H4YBP-6ZCEU-AM3H4-QBTWA
NUQQ6-UP89V-9XGPU-GUYU9-U6VTA
