在2020年美國癌癥研究協(xié)會（AACR）虛擬年會上，英國倫敦大學學院的Chris Abbosh博士介紹了前瞻性TRACERx（NCT01888601）肺研究的結(jié)果。
為78位患者開發(fā)了患者特異性錨定多重聚合酶鏈反應(yīng)（AMP）富集板進行分析。這些患者接受了I-III期NSCLC手術(shù)，從這些參與者中測試了608個血漿樣品。
該過程是執(zhí)行原發(fā)腫瘤切除，然后完成多區(qū)域采樣并將其提交給完整的全外顯子組測序。然后基于克隆/亞克隆，高拷貝數(shù)狀態(tài)和低背景測序噪音，對包括100個克隆單核苷酸變體（SNV），50個新抗原和50個亞克隆變體的優(yōu)先級進行排序。進行此過程是為了優(yōu)化MRD敏感性并進行系統(tǒng)發(fā)育跟蹤。然后針對所追蹤的變異位置構(gòu)建AMP，并在術(shù)前和術(shù)后設(shè)置中將其應(yīng)用于無細胞DNA（cfDNA）。
常規(guī)佐劑試驗被認為不如MRD驅(qū)動的佐劑試驗，因為常規(guī)試驗的異類患者人群復(fù)發(fā)事件發(fā)生率低，研究招募人數(shù)高且需要超過10年的時間才能完成，并且標準水平的提高護理療法會給手術(shù)治愈的患者帶來中毒的風險。
根據(jù)2017年的臨床前數(shù)據(jù)，在無臨床復(fù)發(fā)跡象的NSCLC患者中，輔助放療前檢出了MRD，可能清除了殘留疾病。在分子上被證明是第二原發(fā)的患者中觀察到假陽性?？傮w上，無復(fù)發(fā)隊列中包括26例患者，平均每例患者8個術(shù)后樣本（范圍3-13），隨訪時間為1173天（3.2年）。在第二個主要隊列中，納入了11名患者，每位患者的中位數(shù)為7個術(shù)后樣本（范圍1-10）。該隊列的中位隨訪時間為840天無疾病生存期。確定的第二個原發(fā)灶是5個第二個原發(fā)性肺癌和6個非肺癌。
在96例術(shù)前早期樣本中，在肺腺癌中檢測到≥2 SNV，在肺鱗癌中檢測到≥2 SNV，其他NSCLC的檢測率較低?？偣矙z測到58例肺腺癌中的11例（19％），檢測到31例肺鱗癌中的30例（97％），包括I期17例中的16例，其他7例中（71％）的5例檢測到NSCLC。這項研究提供了信息，即測定的靈敏度隨DNA輸入而定。Abbosh指出，在高輸入下，可以檢測到低至0.003％的分數(shù)。
根據(jù)2020年TRACERx肺研究數(shù)據(jù)，非腺癌組織學繼續(xù)顯示與NSCLC術(shù)前ctDNA脫落相關(guān)。在88例術(shù)前早期樣本中，檢出了49％的肺腺癌，檢出了100％的肺鱗狀細胞癌，并檢出了75％的其他NSCLC。
驗證了該研究中的50個變量的AMP-MRD測定，當將25 ng DNA輸入測定時，在0.008％的MAF下，突變DNA的敏感性為89％。特異性為100％（95％CI，92％-100％）。靈敏度根據(jù)DNA輸入和跟蹤的變體數(shù)量進行縮放。
在TRACERx肺部研究中復(fù)發(fā)的42例患者中，有38例在臨床復(fù)發(fā)時或之前檢測到ctDNA。這些復(fù)發(fā)患者的中位ctDNA前置時間為164天（范圍為6-1022），而手術(shù)復(fù)發(fā)的中位時間為362天（范圍為41-1143）。100％患有第二原發(fā)性疾病的患者未檢測到ctDNA，這表明MRD分析的特異性更好地反映了原發(fā)性腫瘤。術(shù)前無可檢測的ctDNA的復(fù)發(fā)患者的中位無病生存期為640天（范圍404-1242）。
使用大規(guī)模的個性化富集小組，可以監(jiān)測從治療到復(fù)發(fā)的克隆進化。在這項研究中，這是使用132個追蹤的SNV克隆執(zhí)行的，這些克隆SNV知道復(fù)發(fā)時的拷貝數(shù)宏進化，每位患者最多483個變體。復(fù)發(fā)也可以歸類為單克隆或多克隆，在疾病復(fù)發(fā)的系統(tǒng)性干預(yù)過程中發(fā)現(xiàn)明確的亞克隆動態(tài)。
來自TRACERx肺部研究的數(shù)據(jù)表明，AMP個性化cfDNA可以在與MRD設(shè)置一致的低檢測DNA輸入下準確檢測低頻變異DNA。該研究還表明，MRD交貨時間受術(shù)前脫落動態(tài)的影響?？傮w而言，監(jiān)測MRD可以在照護標準影像監(jiān)視之前發(fā)現(xiàn)復(fù)發(fā)。
在輔助條件下，循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）可能是用于檢測手術(shù)后最小殘留疾病（MRD）和確定復(fù)發(fā)性疾病的克隆性的生物標志物。Lung TRACERx研究的結(jié)果（發(fā)現(xiàn)了生物標志物）有可能為將來的臨床試驗奠定基礎(chǔ)，該臨床試驗旨在增加非小細胞肺癌（NSCLC）患者的標準治療劑量術(shù)后MRD陽性。
