雅克薩所在的所在的黑龍江流域長期以來都是女真人的地盤，后金建立之后，努爾哈赤統(tǒng)一了整個女真部，黑龍江地區(qū)成為了后金的領(lǐng)土。
波雅科夫的此次入侵并沒有遭到清軍的阻擊，因?yàn)樵谶@一年清太宗皇太極突然暴斃，清朝內(nèi)部爆發(fā)了激烈地皇位爭奪戰(zhàn)，根清廷本無暇外顧。而次年李自成攻陷北京，崇禎皇帝山陵崩，中原大亂。多爾袞則抓住這一天賜良機(jī)，打著為崇禎皇帝報仇的旗號提兵入關(guān)，打響了入關(guān)戰(zhàn)爭。
1621年后金軍攻陷遼陽，努爾哈赤將都城從赫圖阿拉遷往遼陽，五年之后又遷都到沈陽，后金的統(tǒng)治中心徹底南移。
對于清軍的戰(zhàn)敗，清廷極為震驚，總指揮海色被朝廷下令處死。 為了加強(qiáng)對黑龍江流域的監(jiān)控，1653年清廷把盛京將軍所轄的黑龍江、松花江、烏蘇里江流域，包括黑龍江上游的石勒喀河流域和庫頁島在內(nèi)的海中諸島，劃為單獨(dú)的行政區(qū)，由寧古塔將軍鎮(zhèn)守。
1685年-1686年，清朝皇帝康熙兩次下令，對侵占我東北的沙俄殖民者實(shí)施武力打擊，收復(fù)了雅克薩，這場戰(zhàn)爭史稱雅克薩之戰(zhàn)。
尤其是對于沙俄而言，雅克薩位于首都萬里之遙，參戰(zhàn)的兵力也不過幾百人，其中還有相當(dāng)部分為武裝移民。雅克薩之戰(zhàn)不過是一場荒原邊境的村民械斗罷了，無論誰勝誰負(fù)，都對兩個大國根本利益不會造成威脅。
