不同的制曲原料，工藝條件(主要是溫度)，決定大曲中主要微生物的品種和數(shù)量。通常中溫大曲的上霉溫度不超過40℃，熱曲溫度不超過50℃，其上霉微生物主要是擬內(nèi)孢霉的“白色粉末”，根霉的絮狀菌絲，酵母的乳白或乳黃色的蠟脂質(zhì)小點(diǎn)；曲心微生物主要是擬內(nèi)孢霉、根霉、曲霉、毛霉、犁頭霉、紅曲霉、酵母菌類和細(xì)菌類。以汾酒大曲為例，其主要微生物有根霉、擬內(nèi)孢霉、犁頭霉、毛霉、黃曲霉、黑曲霉、紅曲霉、酵母菌、漢遜酵母、假絲酵母、畢赤酵母、芽裂酵母．乳酸菌、醋酸菌、產(chǎn)氣桿菌、芽孢桿菌、假單孢桿菌、小球菌等。構(gòu)成汾酒典型清香的乙酸乙酯、乳酸乙酯、琥珀酸乙酯的芳香和口味成份的主要微生物，是根霉、擬內(nèi)孢霉、紅曲霉、酵母菌、漢遜酵母和乳酸菌，其中漢遜酵母是產(chǎn)生乙酸乙酯的杰出代表。高溫大曲靠堆曲升溫，制曲升溫可高達(dá)60℃以上。在曲塊培養(yǎng)過程中，一些中溫性的微生物不能適應(yīng)這樣的溫度，而能適應(yīng)這種溫度的是耐高溫的微生物。以茅臺酒大曲為例，多數(shù)微生物是些黃色霉菌、高溫細(xì)菌，其中主要是芽孢桿菌、乳酸菌和醋酸菌類，酵母菌．漢遜酵母極少或很難發(fā)現(xiàn)。茅臺酒大曲中，由于培養(yǎng)溫度由低到高，多種微生物興衰交替，最終表現(xiàn)為曲霉、青霉、擬青霉、紅曲霉、芽孢桿菌、乳酸菌、醋酸菌等，其中以芽孢桿菌的數(shù)量最多。
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