1473年，西廠提督太監(jiān)汪直力勸明憲宗成化皇帝朱見深恢復下西洋國策，由他本人帶隊重走鄭和航海之路。對此成化皇帝十分贊同汪直的提議，下旨令兵部調(diào)出當年鄭和下西洋的所有檔案。可就在這個關(guān)鍵時刻，兵部卻回話稱檔案找不到了，從而導致重下西洋計劃不了了之。也正是這一年，鄭和下西洋檔案從此消失，成為明史一大未解之謎。
目前有關(guān)鄭和下西洋檔案下落的最普遍說法就是被時任兵部郎中劉大夏焚毀，出處來自嚴從簡所著《殊域周咨錄》。由于嚴從簡生活在嘉靖和萬歷年間，距離成化年間相對較近，而且他本人曾任京官，對于官場上的秘聞也有所了解，所以他記載的劉大夏焚毀檔案說法一度被認為是具有公信力。按照嚴從簡的描述，劉大夏先是藏匿鄭和下西洋檔案，然后甚至不惜頂撞上司，即兵部尚書項忠，面對上面的質(zhì)問，劉大夏聲稱“三保下西洋費錢糧數(shù)十萬，軍民死且萬計，縱得奇寶而回，于國家何益”，令項忠啞口無言。最后在項忠的默許下，劉大夏將鄭和下西洋檔案全部銷毀。
無獨有偶，萬歷年間的吏部左侍郎顧起元在《客座贅語》一書中也同樣記載，當成化皇帝下旨令兵部查找鄭和下西洋檔案的時候，“劉忠宣公大夏取而焚之”，似乎也可以證實劉大夏焚毀檔案一說。
但是這兩處記載卻存在一個問題，那就是文官為了敷衍上級交代的任務(wù)，藏匿檔案是有可能的，但焚毀檔案卻絕不可能。首先《明實錄》中就曾記載，劉大夏為了阻止成化皇帝南征安南，將永樂年間交址布政使司的檔案全部藏匿，由于《明實錄》是明朝官方史書，因此劉大夏藏匿檔案是存在的。但是劉大夏絕對沒有膽量銷毀檔案，因為《大明律》中明文規(guī)定，任何官員敢私自銷毀檔案，一律按重罪論處。之后劉大夏步步高升，官至兵部尚書，如果他真敢銷毀檔案，估計早就被定罪處決。
其次天啟年間由茅元儀編撰的軍事百科全書《武備志》里曾收錄了一則鄭和航海簡圖，茅元儀的祖父茅坤曾任兵部尚書胡宗憲幕僚，而茅元儀本人也在兵部任職過，很明顯書中的鄭和航海簡圖來自兵部檔案。假如成化年間劉大夏真的銷毀全部檔案，那么天啟年間茅元儀又是如何得到鄭和航海簡圖的呢?
所以現(xiàn)如今有兩種新的說法值得研究，第一種說法就是晚明時期檔案管理混亂，導致大量檔案丟失。其中司禮監(jiān)太監(jiān)劉若愚在《酌中志》里就這樣記載，從萬歷后期開始，內(nèi)廷就基本癱瘓，為了養(yǎng)家糊口，一些太監(jiān)和官員勾結(jié)外來商人，將明宣宗文淵閣大印，萬歷皇帝御制珍珠袍和宮廷收藏的圖書檔案偷出宮外，然后以高價售出。況且1644年甲申之變后，北京城在短時間內(nèi)就經(jīng)歷了李自成和清朝兩個政權(quán)，尤其是中間交替時的真空時期，官府都被公然打劫，因此丟失檔案的可能性相當高。
第二種說法就是被清朝銷毀，在1739年《明史》正式刊行天下后，乾隆皇帝曾下旨銷毀2900部明朝史書和檔案，這當中究竟有沒有鄭和下西洋檔案，著實值得考量。
事實上鄭和下西洋檔案是由鄭和副手之一的王景弘親自整理，當中詳細記載了七次下西洋的所有資料，包括去過哪些國家，航海線路是怎樣走的，到了海外都干了些什么等等。可惜的是，整本檔案就這樣下落不明，令后人在惋惜的同時，也多了幾分猜測，而這也是鄭和下西洋研究沒有終點的根本原因。
